Tahun 1985 telah mencatat sejarah dalam perkembangan pendidikan di negeri Sarawak. Pada tahun 1985, SMK Agama Sibu telah ditubuhkan dengan pengambilan 114 orang pelajar putera-puteri. SMK Agama Sibu adalah sekolah agama ke-tiga di Sarawak pada ketika itu. Sekolah ini telah mengambil alih tapak dan bangunan Maktab Perguruan Sarawak yang telah diasaskan pada tahun 1957 yang terletak bersebelahan dengan Lapangan Terbang Sibu yang lama.

Pada peringkat awal penubuhan SMK Agama Sibu berkongsi premis dengan SMK Kampung Nangka Sibu. Kebanyakan bangunannya pada ketika itu dibina daripada asbestos dan kayu kecuali sebuah berek guru dan dua blok bangunan berdinding dan beratapkan asbestos yang siap dibina pada penghujung tahun 1984. Sebuah blok bangunan terdiri daripada 4 buah bilik darjah, menempatkan pejabat, perpustakaan dan bilik guru untuk 9 orang kakitangan pengajarnya. Pelajar yang pertama menduduki SRP (dikenali sebagai PMR sekarang ini) ialah pada tahun 1987 dan SPM pada tahun 1989.

Pada tahun 1986 seluruh kampus telah diambilalih sepenuhnya oleh SMK Agama Sibu setelah SMK Kampung Nangka Sibu berpindah ke tapak sekolahnya yang baru. Pada tahun tersebut sebuah dewan makan dan sebuah blok tingkatan dua tingkat telah siap dibina. Jumlah kelas telah bertambah menjadi sebanyak empat buah kelas tingkatan satu dan empat buah kelas tingkatan dua. Pada tahun seterusnya banyak kerja pembaikpulihan dilakukan bagi menampung pertambahan pelajar dan kakitangan.

Pada tahun yang sama juga Masjid Al-Huda telah disiapkan. Sejak Masjid Al-Huda siap dibina, ia telah digunakan sepenuhnya sebagai tempat ibadat warga SEMEKAS. Selain itu, ia juga berperanan sebagai pusat perkembangan dan penyampaian ilmu agama. Kuliah maghrib turut diadakan untuk mengisi masa antara waktu maghrib dan isya'. Kuliah maghrib disampaikan oleh guru agama (samada yang berkhidmat di sekolah ini ataupun penceramah jemputan). Masjid ini tidak pernah sunyi daripada pengunjung yang datang untuk bersolat. Kerja-kerja penyelenggaraan masjid dilakukan dari masa ke semasa untuk memastikan tempat ibadat ini sentiasa dalam keadaan yang baik.

Kemudiannya pada tahun 1991, sebuah kelas aliran sastera bagi tingkatan enam telah diwujudkan. Dengan kewujudan kelas tingkatan enam ini, SMK Agama Sibu telah dapat menyediakan satu aliran pendidikan Agama Islam yang lengkap bermula daripada tingkatan 1 hingga tingkatan 6. Mata pelajaran berteraskan Agama Islam mencakupi 30% dan mata pelajaran aliran biasa mencakupi 70% kurikulum yang telah ditetapkan. Pada tahun 1998, SMK Agama Sibu telah membuka aliran sains teknologi kepada pelajar tingkatan 4 dan 5. Aliran sains teknologi menawarkan mata pelajaran kejuruteraan seperti Teknologi Kejuruteraan (Engineering Technology) dan Lukisan Kejuruteraan (Engineering Drawing) kepada pelajarnya. Objektif utama memperkenalkan mata pelajaran ini adalah untuk melahirkan cerdik pandai Islam dalam bidang kejuruteraan.

Pelajar aliran sains teknologi juga mengambil mata pelajaran sains tulen seperti fizik, kimia dan matematik tambahan dan mata pelajaran aliran agama seperti Bahasa Arab Tinggi, Al-Quran Sunnah dan Ulum Syariah. Pada tahun 2004 hingga 2005, mata pelajaran teknologi kejuruteraan dan lukisan kejuruteraan telah diajar dalam dwibahasa iaitu dalam bahasa Melayu dan bahasa inggeris. Mulai tahun 2006, kedua-dua mata pelajaran ini diajar dalam bahasa Inggeris sepenuhnya.

Pada 30 April 2004, SMK Agama Sibu buat pertama kalinya telah melancarkan laman web rasmi sekolah ke dalam talian internet atas arahan daripada Jabatan Pendidikan Islam dan Moral (JAPIM), Kementerian Pelajaran Malaysia semasa Kursus Peningkatan Kemahiran Komputer Kepada Penyelaras Web Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Zon Sabah Sarawak yang telah dianjurkan oleh Jabatan Pendidikan Islam dan Moral (JAPIM), Kementerian Pelajaran Malaysia pada 26 - 30 April 2004 bertempat di Hotel Mega, Miri, Sarawak. Kursus ini telah dikendalikan oleh pihak JAPIM dengan kerjasama oleh ABI Resourse Group Sdn Bhd.

Laman web SMK Agama Sibu dibina berdasarkan format rasmi yang telah ditetapkan oleh pihak JAPIM untuk semua SMKA di seluruh Malaysia. Dengan wujudnya laman web ini, SMK Agama Sibu telah mula mengorak langkah menuju ke arah sekolah bestari.

Mulai tahun 2005, pihak kerajaan telah membuat keputusan untuk menjadikan semua sekolah di Malaysia sebagai sekolah bestari. SMK Agama Sibu telah melakukan perubahan ke arah sekolah bestari dengan mewujudkan satu jawatankuasa sekolah bestari pada 20 April 2005 selaras dengan arahan Kementerian Pelajaran Malaysia yang mengkehendaki setiap sekolah berbuat demikian. Proses perubahan menjadi sekolah bestari ini berlaku secara berterusan dari masa ke semasa. Semua pihak terdiri daripada pengetua, guru-guru, ibubapa, pelajar dan masyarakat sekitar memainkan peranan penting untuk menjayakan hasrat kerajaan ini.

Bangunan-bangunan yang terdapat di SMK Agama Sibu telah banyak melalui perubahan. Patah tumbuh, hilang berganti, itulah yang telah terjadi. Atas keprihatinan kerajaan, bangunan kompleks sekolah baru telah siap dibina pada akhir tahun 1996 dan terletak bersebelahan dengan bangunan lama. Kompleks sekolah baru mula digunakan pada awal tahun 1998 sehinggalah sekarang. Kini, SMK Agama Sibu menjadi antara sekolah yang ulung dalam melahirkan cerdik pandai Islam di Negeri Sarawak. Perjuangan mendidik anak bangsa diteruskan oleh warga pendidik yang sedia berkorban masa dan tenaga. Setiap warga SEMEKAS memberikan komitmen tinggi dalam menjayakan Visi dan Misi sekolah. Walaupun silih berganti, tetapi perjuangan belum berakhir.

Quarters-quarters guru dan staf sokongan semakin banyak dibina untuk memenuhi keperluan semasa. Bangunan SMK Agama Sibu yang lama telah digunakan oleh SMK Agama Igan pada peringkat awal penubuhan sekolah tersebut. Bangunan lama SMK Agama Sibu kemudiannya dirobohkan apabila SMK Agama Igan telah berpindah ke tapak sekolah yang baru. Tapak lama SMK Agama Sibu akhirnya digunakan untuk membina quarters-quarters guru dan staf sokongan yang baru. SMK Agama Sibu terus kekal di tapak sekolah yang baru bersebelahan dengan tapak sekolah yang lama.

Berikut adalah warga pentadbir SMK Agama Sibu dari tahun 1985-2008;
1. 1985 - 1987, Ustaz Ahmad B Ayub (Pengetua)
2. Sept 1987 - Dis 1987, Ustaz Noromi B Hasyim (Pengetua)
3. 1991 - 1993, Ustaz Abdul Latif B Hj Abdul Karim (PK1)
4. 1994 - 1995, Pn Siti Zaleha Bt Reduan (PK1)
5. 1996 - 1997, En Ismail B Jaya (PK1)
6. 1997 - 1999, Ustaz Kamal B Hassan (Pengetua)
7. 2000, Ustaz Abdullah B Salleh (Pengetua)
8. 2001 - 2003, Ustaz Md Radzi B Bahari (Pengetua)
9. 2004 - 22 September 2007, Ustaz Ishak B Muda (Pengetua)
10. 01 Oktober 2007-2008, Ustazah Seraya Bt Sulaiman (Pengetua)